Video âm nhạc cho "Breaking the Habit" do Studio Gonzo thực hiện việc hoạt họa;[8] do Joe Hahn đạo diễn và Eric Calderon đồng sản xuất. Nó sử dụng phong cách anime và được giám sát bởi Kazuto Nakazawa, người trước đây đã đạo diễn phân đoạn hoạt hình trong Kill Bill: Tập 1 của Quentin Tarantino cũng như những sản phẩm khác.[9][10] Đoạn video quay cảnh ban nhạc biểu diễn bài hát và sau đó đã được quay rotoscope.[11] Video đã trở thành video yêu thích của khán giả MTV, thậm chí còn giành được Giải thưởng Lựa chọn của Khán giả MTV VMA năm 2004.

Tính đến tháng 12 năm 2020, bài hát đã có 246 triệu lượt xem trên YouTube.

Ngoài ra còn có một video âm nhạc thứ 2, có tựa đề "Breaking the Habit (5.28.04 3:37 PM)", quay cảnh ban nhạc trong phòng thu của họ biểu diễn bài hát. Video do Kimo Proudfoot đạo diễn và có trên DVD Breaking the Habit.[12][13]

iTunes

Video của "Breaking the Habit" có mặt trên iTunes, cùng với phiên bản video trực tiếp của video. Video trực tiếp được trích từ DVD hòa nhạc Road to Revolution: Live at Milton Keynes.[14][15][16]